新疆農業(yè)大學科學技術學院總共有29個專業(yè)。

新疆農業(yè)大學科學技術學院本科專業(yè)有27個：藥學、計算機科學與技術、水利水電工程、食品科學與工程、土木工程、農業(yè)電氣化與自動化、工程管理、生物科學、土建、英語、電子信息科學、人力資源管理、園林、旅游管理、公共事業(yè)管理、動物科學、土地資源管理、動物醫(yī)學、管理科學與工程、經濟學、生物科學、國際經濟與貿易、經濟學、電子信息科學與技術、信息管理與信息系統(tǒng)、環(huán)境科學、生物技術。

新疆農業(yè)大學科學技術學院其他專業(yè)有2個：機械設計制造及其自動化、中國少數民族語言文學。