新疆醫(yī)科大學總共有26個專業(yè)。

新疆醫(yī)科大學本科專業(yè)有25個：醫(yī)學技術、預防醫(yī)學、醫(yī)學實驗學、醫(yī)學影像學、中醫(yī)學、護理學、衛(wèi)生檢驗、藥學、中藥資源與開發(fā)、法醫(yī)學、維醫(yī)學、麻醉學、基礎醫(yī)學、中西醫(yī)臨床醫(yī)學、針炙推拿學、中藥學、婦幼保健醫(yī)學、醫(yī)學檢驗、臨床醫(yī)學（7年制）、口腔醫(yī)學、臨床醫(yī)學（5年制）、生物醫(yī)學工程、信息管理與信息系統(tǒng)、公共事業(yè)管理、英語。

新疆醫(yī)科大學其他專業(yè)有1個：針灸推拿學。